资源共享与代码 | Neuro-SC Lab

代码与计算资源

这里展示了 Neuro-SC 实验室开发的开源软件和数据资源，旨在促进单细胞组学分析。

一个基于 R 语言 Tidyverse 框架的综合软件包，用于稳健、可重现地整合单细胞 RNA 测序和空间转录组数据集。

参考文献: 学生 A, 您的名字, 博士 (2023). Genome Biology.

一个使用机器学习模型（随机森林/XGBoost）的 Python 工具，根据 scRNA-seq 特征对小胶质细胞状态（如稳态、ADAM、炎症状态）进行分类。

参考文献: 学生 B, 您的名字, 博士 (2024). Cell.

我们主要研究成果的原始数据和处理后的数据均已存储在公共数据库中，链接如下。

整理常用的单细胞数据库与可视化平台，方便快速查询、比对与复用。

汇聚大量公开单细胞数据集，支持元数据检索与表达可视化。

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Human Cell Atlas 官方数据门户，适合检索跨组织单细胞参考图谱。

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支持数据浏览、聚类结果查看及数据下载，收录多领域研究数据。

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提供众多公开项目的二维嵌入图浏览，适合快速探索细胞群和 marker。

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覆盖 R 与 Python 生态，适合入门、复习和进阶查阅。